微生物除臭剂可对复杂恶臭气体成分进行针对性除臭，尤其是H2S、NH3、甲硫醇等恶臭物质，通过研究，微生物除臭剂除臭机理主要有三个阶段：水溶渗透，恶臭污染物从气相转移到液相和固体表面液膜。生物吸收，液相或固体表面液膜的污染物被填料上附着的微生物吸附、吸收；生物降解，进入微生物细胞的恶臭成分作为营养物质被微生物分解、利用，从而被去除。
将微菌环境微生物除臭剂兑水稀释，根据不同温度、臭气浓度等环境适当调整稀释比例，通常稀释比例为50-100倍。含硫的恶臭成分可被氧化分解成 S、SO32-、SO42-；含氮的恶臭成分则被氧化分解成NH4+、NO2-、NO3-。恶臭物质的氧化需要各种微生物参与，同一恶臭物质不同的氧化阶段需不同的微生物，如含硫物质的氧化，当恶臭气体为H2S时，专性的自养型硫氧化菌会在一定的条件下将H2S氧化成硫酸根。
当恶臭气体为有机硫如甲硫醇时，垃圾站除臭系统则首先需要异养型微生物将有机硫转化成H2S，然后H2S再由自养型微生物氧化成硫酸根。当恶臭气体为氨时，氨先溶于水，然后在有氧条件下，经亚硝化细菌和硝化细菌作用转化成硝酸根，在兼性厌氧条件下，硝酸盐还原菌将硝酸盐还原成氮气。生物除臭剂可争对复杂臭气成分进行除臭、抗菌、灭蝇，所用菌种为自然界驯化繁殖而来，对环境及人畜无毒无害，无二次污染，除臭率高达90%以上。
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